Le type de micro-organisme--bactéries ou champignons--devra effectuer fromage varie selon le type de fromage. Certains fromages utilisent une combinaison de microorganismes, tandis que d'autres ne nécessitent qu'un seul.

Bactéries

La fonction principale des bactéries dans la fabrication du fromage est d'acidifier le lait en mangeant le sucre du lait (lactose). Les bactéries sont ajoutés comme partant de fromage, dont il existe deux types. Mésophiles démarreurs peuvent être ajoutés directement dans le lait et contiennent généralement plusieurs sous-espèces de Lactococcus lactis ou Leuconostoc mesenteroides. Démarreurs thermophiles doivent être mis en culture avant qu'ils peuvent être ajoutés au lait et contiennent des Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii.

Champignons

Les spores de champignons (ou moisissures) servent à fabriquer des fromages avec couenne de fleurie ou avec des nervures. Penicillium camembertii est le principal champignon utilisé pour les écorces, dans les fromages comme le Camembert et Brie. Penicillium roqueforti est utilisé pour des fromages bleus ou veinées comme le Roquefort, stilton, gammelost et Gorgonzola.

Autres micro-organismes

Certains types de bactéries sont nécessaires pour la production de fromages spécifiques, en plus du démarreur bactéries et les champignons. Par exemple, fromages suisses exigent des bactéries d'acide propionique pour obtenir leurs trous ronds caractéristiques.